세무당국이 일부 의학회를 대상으로 세무 확인조사를 전격실시한 것으로 7일 확인됐다.

이날 대한의학회 등에 따르면 서초세무서는 최근 관할 지역에 주소를 두고 있는 학회들을 방문해 간이세금계산서 입출금 장부 등을 뒤져 성실신고 여부를 집중 조사하고 보다 정밀분석이 필요한 서류는 압수해 갔다.

당국이 학회를 상대로 세무조사를 벌인 것은 매우 드문 일이다.

김건상 의학회장은 "종로와 서초구세무서 관할에 있는 학회들이 조사대상이 된 것으로 알고 있다"며 제약회사에 대한 조사과정에서 학회로 상당액의 후원금이 흘러들어간 정황을 포착하고 이를 확인하는 차원의 조사로 알고 있다"고 말했다.

세무당국은 특히 학술대회 등 각종 행사 때 홍보 부스 설치와 학술지 광고 수입에 대한 영수증 처리, 수입신고 여부를 집중적으로 조사하고 이중 일부 학회에서 세금(부가세)을 제대로 납부하지 않은 사실을 확인했다.

의학회 관계자는 "이번 조사에서 몇몇 학회가 적발돼 많게는 억대의 세금을 추징당 할 수 있는 상황에 처해있다"며 "몇년치를 소급적용해 세금을 부과하기 때문"이라고 전했다.

서초구세무서 관계자는 "조사를 진행중이다. 그러나 임의로 언론에 공개할 사안이 아니다"며 언급을 회피했다.

세무확인 조사를 받은 A학회 관계자는 "학회의 성격을 제대로 이해하지 못한 잘못된 조사"라며 "학회지 광고료 등은 사실상 후원금이나 마찬가지인데 부가세를 부과하는 것은 부당하다"고 말했다.

세무당국의 조사에 대한 회원 학회의 불안감이 커지자 의학회는 지난 3일 임시총회를 열어 대책 논의했다.

이 자리에서 의학회는 회장단을 중심으로 위원회를 구성, 제약사로부터 후원금을 받을 때는 의학원이나 의학학술진흥재단을 이용하고 영수증 발급시 주의를 당부하는 지침을 만들어 회원 학회들에게 배포하기로 했다.

아울러 국세청 등에 지침이 만들어질 때까지 조사를 중단해줄 것을 요청, 현재 조사가 잠정 중단된 상태다.

의학회는 또 의학회의 법인화 추진을 통해 안정적 비과세 토대를 마련하는 방안도 추진할 방침이다.