조세특례 대상에서 대학병원 등이 아닌 의료법인을 제외했다고 하더라도 헌법소원심판을 청구하는 것은 부적법하다는 헌법재판소의 결정이 나왔다.

헌법재판소 전원재판부는 최근 재판관 전원 일치로 의료법상 의료법인들이 청구한 헌법소원심판청구를 모두 각하했다.

이들 의료법인은 대학병원 등 특별법에 따라 설립된 법인에 대해 조세특례 혜택을 부여하고 있는 반면 일반 의료법인에 대해서는 적용대상에서 제외하자 평등권과 재산권을 침해하는 위헌이라며 2006년 11월 헌법소원심판을 청구하고 나섰다.

구 조세특례제한법(2006년 12월 30일 개정 이전 법률)은 내국인이 낸 기부금에 대한 공제와 고유목적사업준비금 손금산입 특례를 사립대병원, 국립대병원, 서울대병원, 국립암센터 등으로 제한하고 있다.

이와 함께 구 지방세법(2005년 12월 31일 개정 이전)은 용도구분에 의한 비과세 대상을 고등교육법에 따라 학교를 경영하는 자 등으로 정했지만 의료법인을 제외시켰다.

이에 대해 헌재는 “설사 기부 주체가 손금산입을 받을 수 있는 법인을 더 선호하도록 하는 유인으로 작용하고, 그로 인해 청구인들이 상대적으로 기부를 덜 받게된다 하더라도 이는 경제적인 불이익에 불과하며 법적인 불이익이라고 할 수 없다”고 강조했다.

또 헌재는 “조세법령은 과세처분이라는 구체적인 집행행위를 매개로 해 기본권을 침해하는 것이고, 그 자체로 직접 기본권을 침해하는 것이 아니므로 직접성이 인정되지 않는다”고 결론내렸다.

이에 따라 헌재는 “결국 이들 조항들은 모두 신고납세 방식의 조세법령에 대한 특례조항으로, 기본권 침해의 직접성이 인정되지 않으며, 헌법소원심판 청구는 부적법하다”고 밝혔다.