기획재정부가 임상시험에 대해 부가세를 과세하는 방안을 강행하자 병원계가 크게 반발하고 있다. 소급적용이 아니라 과제 자체에 문제가 있다는 비판이다.

이로 인해 병원들은 보건복지부에 비난의 화살을 돌리며 부처간 조율을 요구하고 있다.

기획재정부는 최근 국세예규심사위원회를 개최해 의료기관의 임상시험에 대해 유권해석일인 3월 17일 이후부터 과세하기로 했다.

임상시험은 엄연히 제약사에 공급하는 시험 용역의 성격이며 영국 등 여러 국가에서도 세금을 물리고 있는 만큼 과세가 타당하다는 것이 기재부의 판단이다.

하지만 이를 소급해서는 안된다는 것이 기재부의 법리 해석이다. 지금까지 면세로 신고해 왔고 과세 관청 또한 한번도 과세한 적이 없다는 점에서 유권해석일 이후부터 세금을 부과하는 것이 타당하다는 것이다.

앞서 국세청은 가톨릭대와 을지대, 한림대 등 3개 학교법인에 5년치 부가세를 소급해 130억원의 세금을 납부하라고 통보한 바 있다. 기재부의 유권해석을 통해 세금을 부과한 것.

그러나 기재부가 소급적용은 법리에 어긋난다고 선을 그으면서 이들 대학들은 우선 세금 폭탄을 면하게 됐다.

이처럼 세금 폭탄은 면하게 됐지만 병원들의 표정은 그리 밝지 않다. 소급 적용이 아니라 과세 자체에 문제가 있다는 입장이기 때문이다.

A대병원 관계자는 "과세 자체에 문제가 있는데 더욱이 소급적용까지 했다면 끝까지 법적으로 싸웠을 것"이라며 "지금 중요한 것은 과세가 타당한지에 대한 판단이지 소급적용이 아니다"고 말했다.

대다수 병원들도 같은 반응이다. 부가가치가 생겨나지 않는데 부가세를 매기는 것이 타당하냐는 반문이다.

세법 등에 따르면 부가가치세는 생산 및 유통과정의 각 단계에서 창출되는 부가가치에 대하여 부과되는 조세로 규정하고 있다.

병원계가 반발하는 이유는 바로 이 부분. 생산도, 유통도 되지 않는 아직 미완성의 약물에 부가세가 왜 붙냐는 것이다.

B대병원 임상시험센터장은 "제품으로 출시될지도 모르는 물질에 부가세를 매긴다는 것 자체가 말도 되지 않는 발상"이라며 "생산도, 유통도 되지 않는 물질 아니냐"고 반문했다.

그는 이어 "만약 임상시험을 통과하지 못하면 그 물질 자체는 상업적으로 아무 의미가 없는 것"이라며 "가치가 있는지 없는지 판단하는 시험에 부가적인 가치를 논한다는 것 자체가 넌센스"라고 꼬집었다.

이에 따라 병원계는 복지부가 적극적으로 나서줄 것을 요구하고 있다. 국회 등에서도 이러한 문제를 제기하고 있는데 왜 관계 부처가 침묵하고 있느냐는 비판이다.

C대병원 보직자는 "일부 국회의원들도 힘을 보태주고 있는데 이를 해결하겠다던 복지부는 뭘 하고 있는 것인지 모르겠다"며 "의료산업화를 논하면서 기반이 되는 임상시험을 위축시킬 셈이냐"고 지적했다.

이어 그는 "글로벌 제약사들은 세금 문제 등에 특히 민감하게 반응한다'며 "복지부 장관이라도 나서 조속히 이를 해결하지 않으면 애써 닦아 놓은 기반이 무너질 수 있다"고 경고했다.