수백억원에 달하는 세금 폭탄을 맞은 병원들이 극적으로 이를 면할 수 있게 됐다. 기재부가 임상시험 부가세를 소급 적용하지 않기로 결정했기 때문이다.

이에 따라 130억원에 달하는 부가세를 맞았던 가톨릭 등 3개 대학은 우선 한숨을 돌릴 수 있을 것으로 전망된다.

기획재정부는 최근 국세예규심사위원회를 개최하고 의료기관이 제약사에 제공하는 임상시험 용역에 대한 부과가치세를 유권해석일인 3월 17일 이후부터 과세하기로 했다고 밝혔다.

기재부는 그동안 의료기관들이 임상시험용역을 면세로 신고해 왔고 과세 관청 또한 한번도 과세를 해본적이 없다는 것을 감안해 유권해석일 이후부터 과세를 하기로 결정했다.

기재부는 "납세자 신뢰보호 차원에서 유권해석일 이후 최초로 임상시험 용역 계약이 체결되는 계약에 한해 과세할 것"이라고 설명했다.

앞서 기재부는 임상시험 용역에 대한 과세 여부를 묻는 국세청의 질의에 과세 대상이라고 유권해석을 내린 바 있다.

임상시험 용역은 면세 혜택을 받는 환자에 대한 진료와 치료라기 보다는 제약사에 공급하는 시혐 용역이며 영국 등 여러 국가에서 세금을 물리고 있다는 점에서 과세가 타당하다는 것이 기재부의 판단이다.

이에 따라 국세청은 지난 4월 가톨릭대와 을지대, 한림대 등 3개 학교법인에 5년치 부가세를 소급해 130억원의 세금을 납부하라고 통보했고 병원계는 이러한 조치에 극렬하게 반발해 왔다.

그러나 과세 방침이 뒤짚힐 확률은 희박해 보인다. 기재부의 의지가 단호하기 때문이다.

기재부는 "부가세를 낸다고 해도 의료기관과 제약사의 세 부담이 늘어나는 것은 아니다"며 "의료기관은 제약사로부터 부가세가 포함된 대금을 받아 세금을 내면 되며 제약사도 이를 매입 세액으로 공제받을 수 있는 만큼 크게 문제될 것이 없다"고 강조했다.