지금까지 의료기관에 대해 주어지던 10%의 소득세와 법인세 감면 혜택이 내년 1월부터 사라진다.

또 5백만원으로 제한했던 근로소득자의 의료비 소득 공제한도를 폐지하되, 공제대상은 현행 3% 이상에서 5% 이상으로 축소조정한다.

재정경제부는 28일 수출입은행 대회의실에서 제35차 세제발전심의위원회를 열고 이 같은 내용의 ‘중장기 조세정책 방향 및 2003년 세법개정내용’을 심의했다.

이에 따르면 재경부는 “의료기관 등 28개 업종에 대해 소득세와 법인세를 감면하던 중소기업특별세액감면제도는 동일소득에 대하여는 동일세율을 적용하는 공평과세원칙에 어긋나는 면이 있다”면서 “조세지원제도의 효율성제고를 위해 내년도 과세연도분부터 폐지할 방침”이라고 밝혔다.

또 “이미 총급여액의 일정액을 일괄공제하는 근로소득공제제도가 있으므로 소액 경상 의료비는 근로소득공제금액를 통해 근로자가 부담하도록 하는 것이 바람직하다”고 설명하면서 의료비 소득공제 한도를 폐지 방침을 밝혔다.

공제대상 의료비 기준의 경우에도 “소액 의료비등은 근로소득공제제도에 의한 개산공제금액에 포함되어 있다는 점 등을 감안해 공제기준을 상향조정했다”고 밝혔다.

개정안은 2004년 1월 이후 발생하는 소득분부터 적용되며, 부처협의․입법예고 등 의견수렴과정과 9월중 차관회의․국무회의 등을 거쳐 국회에 제출된다.

이밖에 개정안의 주요내용은 아래와 같다.

▲신용카드사용 일반화에 따라 지원범위 축소(공제율 20%→15%) ▲상속·증여세를 조세법률주의 위배소지가 없는 완전포괄주의 과세방식으로 전환 ▲부동산 단기양도차익에 대한 양도세율 인상(1년미만 : 36%→50%, 1～2년 : 9～36% → 40%) ▲농어촌특별세 적용시한을 2009년 6월말까지 5년간 연장. ▲장기저축성 보험 비과세범위를 “7년이상”에서 “10년이상”으로 축소 ▲농·수협 예탁금 이자를 과세로 전환 ▲현금거래 양성화를 위하여 현금영수증카드 사용액에 직불카드와 같은 혜택(연급여 10%초과분의 25%공제) 부여 ▲대학생 교육비공제한도를 1인당 500만원에서 700만원으로 인상. ▲6세이하 자녀를 둔 부모에 대한 소득세 경감 확대 ▲근로자가 받는 영유아 보육비, 출산수당 등에 대한 소득세 비과세제도 신설 ▲직장내 보육시설 투자세액공제율을 3%에서 7%로 확대▲세금계산서 등 증빙보관대상을 ‘10만원이상 지출’에서 ‘5만원 초과지출’로 확대 ▲분식회계로 순이익 및 법인세를 과다신고한 기업에 대하여는 환급을 제한하고 5년간 납부세액과 상계 ▲임시투자세액공제율을 10%에서 15%로 인상 ▲R&D투자세액공제액에 대해 최저한세 적용 배제 ▲신규투자 사업용 자산에 대하여도 감가상각기간을 단축. ▲중소기업 최저한세율을 12%에서 10%로 인하 ▲중소기업의 수도권 과밀억제권역내 대체투자에 대한 투자세액공제를 허용 ▲외국인에 대하여는현행 누진세율에 의한 소득세 대신 총급여의 17%를 납부할 수 있도록 하고, 외국인 투자 지원제도 적용대상을 확대▲신용카드수입증가분 세액공제율을 10%에서 5%로 인하하는 등 17개 감면제도 축소.