비영리법인으로 수익활동을 금하고 있는 의료기관들이 과세제도에 있어서는 복잡한 체계로 얽혀 다른 직종에 비해 형평성을 잃고 있어 의료시장개방에 앞서 이를 보완해야 한다는 연구결과가 나왔다.

한국조세연구원 손원익 연구위원은 19일, <재정포럼> 3월호에 기고한 '의료기관 관련 조세정책의 현황과 정책방향'에서 우리나라 의료기관들은 설립근거 및 소관부처나, 중소기업의 분류에 따라 과세기준이 달라 형평성을 잃고 있다고 주장했다.

의료기관의 경우 국세와 지방세를 포함해 10여가지의 과세근거가 마련돼 있지만 개인병원, 의료법인, 사회복지법인, 공공의료법인 등 에 따라 세목이 달라진다.

의료법인은 소득세와 상속세를 포함해 5가지 과세를 면제받지만, 학교법인이나 공공의료법인의 경우 법인세를 제외하고는 모두 면제를 받는다.

이를 두고 손 연구원은 "의료분야의 경우 동일한 비영리분야의 법인임에도 세제상의 차별이 크게 나타나고 있다"고 지적했다.

또 중소기업에 의료업이 포함돼 있으나 노동집약적인 의료업의 특성상 200미만의 기준을 적용하면 중소기업법에 해당하는 비율이 73.1%로 전산업중소기업 비율평균인 96.47% 보다 훨씬 비율이 낮은 수준이 된다.

따라서 의료기관들은 중소기업에게 제공되는 세제혜택 역시 제대로 받지 못하고 있는 셈이다.

이와 함께 첨단의료용기기에 대한 조세특례 역시 2003년에 사라져 병원경영악화에 따른 첨단 의료용기기의 도입이 힘들어졌다.

손 연구원은 현재의 조세제도를 의료법인 자체의 공익성 및 비영리성의 정도를 평가해 차등이 존재하도록 하는 것이 형평성 측면에서 바람직하다고 주장했다.

그는 또 현 시점에서 주식회사 형태의 영리법인의 도입은 기존 시장 및 국민 정서에 큰 충격이 될 수 있어 점진적 도입이 유도되어야 한다며 △출자권이 인정되는 영리병원 △의료전문법인 형태 영리법인 △경제특구 내의 영리법인 △주식회사 형태 영리법인으로 나누어 각각의 과세체계 등을 마련해야 한다고 지적했다.